在总部里面，9S虽然已经被修复，但还需要自行对系统进行调整。
　　在这个过程中，他突然听到一阵极为诡异的噪音。
　　为了调查噪音，他黑进了总部的服务器里面。
　　服务器里面的内容很多，他最先找到的是“器材运输记录”。
　　他发现，总部向月球人类议会搬运的材料大多是空的；
　　还有“机体保管记录”里面，也存在着一些端倪——关于黑匣子的情报都被破坏了。
　　然而，让9S最为震撼的，还是他找到了“人类议会计划”的记录。
　　这个数据原本是严密封锁的，被他强硬地黑进去了。
　　它的问题在于：
　　原本应该是人类议会召开会议，然后布置寄叶部队去执行；
　　但是，记录上显示的顺序，却是反过来的。
　　这意味着——人类议会是寄叶部队设置的。
　　9S隐约猜测到：月球或许根本就没有人类居住，所谓的人类议会，也完全不存在。
　　这时候，他接到了2B的求援通讯（对方被机械兵信徒困在废弃工厂内）。
　　切断了服务器的连接后，他前往管理室，操纵终端黑进工厂，来帮助2B和帕斯卡尔。
　　这个过程中，他变成一个机械兵，通过重重障碍后，为2B打开了电梯闸门。
　　然后他继续黑进工厂的系统中，控制各道关卡，协助2B逃离工厂。
　　当2B和帕斯卡尔离开工厂后，9S收到了司令的指令。
　　两人碰面后，司令询问他为什么黑进了总部的服务器。
　　9S直接开门见山，质问司令是否根本没有人类和议会。
　　司令也没有掩饰，直接承认了对方的猜想：
　　原来，人类早在外星人入侵之前，就已经全部灭绝了。
　　她之所以组建月球人类议会，是想掌控人工智能的未来。
　　除此之外，她还将记录了真实的旧世界的录芯片交给了9S。
　　了解到事情的真相后，9S陷入迷茫之中。
　　“愿人类荣光永存”这句口号，完全成了一个讽刺。
　　他甚至不知道该怎么和2B解释。
　　此时，在地面上，夏娃因为哥哥被2B杀死后，开始进行大肆破坏。
　　9S搭乘机甲，前往废墟都市支援2B。
　　之后的剧情和之前一样，二人联手打败了夏娃。
　　9S感染了病毒，2B迫于无奈杀死了他。
　　他通过将数据转移到附近的机械兵身上，存活了下来。
　　只不过，在2B掐死9S的过程中，出现了两个红衣小女孩的虚影。
　　在一周目中，这两个红衣小女孩出现在营地中，给2B提供了特殊扫描仪。
　　她俩身上似乎隐藏着不少秘密。
　　存活后的9S，在总部得到了重生。
　　在二周目结局的末尾，2B前往9S的房间拿取一些道具。
　　9S似乎想将真实的历史告诉2B，但最后还是没说出去，只是提醒对方务必小心。
　　由于亚当、夏娃两个管理员脱离了网络，机械生命体的指挥系统陷入混乱状态。
　　寄叶部队打算趁机发起总攻，希望能一举夺回地面……
　　二周目通关后，上官言意识到，仅仅只是换了一个视角，游戏的剧情却几乎完全颠覆。
　　当人类的存在成为骗局之后，这场人工智能机器人与机械生命体的战争，谁对谁错几乎完全失去了意义。
　　上官言叹了口气，继续开启三周目的进程——他想知道最后的结局。
　　总攻发起后，首先控制2B前往机库，乘上机甲前往地面。
　　与此同时，作为侦察部队的9S，已经提前到达地面，为总攻做预备工作——黑进敌方的防空系统，让它们瘫痪掉。
　　完成任务后，随着战况的恶化，9S需要去和2B汇合。
　　这时候，切换到2B的视角。
　　她听到了人类议会发起总攻的命令，以及对寄叶部队的期待和鼓励。
　　她驾驶机甲，经过一番空战后，赶到桥面上找到了9S。
　　他俩作为游击部队，需要前往多个地点支援其他分队。
　　在这个过程中，越来越多的同伴加入队伍中。
　　当他们攻向最后一个地点时，一群特殊的机器人冲了过来，导致部分队员受感染，出现异常情况。
　　9S通过黑进2B的系统，让她暂时恢复了正常。
　　只不过，其他的同伴已经完全失去控制，朝他俩发动攻击。
　　9S找到了释放病毒信号的元凶，和2B过去一同消灭了它。
　　但是，寄叶部队受到感染的人实在是太多了，他们团团包围住2B和9S。
　　二人最后只有选择毁掉自己的黑匣子，引发聚变爆炸来解决问题。
　　他俩借助传输好的数据，利用备用机体从基地苏醒，一同前往指挥中心汇报。
　　但是，由于地面的信号被封锁，他俩遭到了司令的怀疑。
　　正在这时候，指挥中心的所有战士和通信员都受到了感染，被机械生命体控制。
　　2B和9S杀出一条血路，护送司令冲到走廊上，准备去机库乘机甲离开。
　　然而司令自己也受到了感染。
　　2B和9S是寄叶部队最后的队员，司令给他俩下达的最后命令是好好活下去。
　　她自己则守着机库的大门，为他俩的撤退争取时间。
　　2B和9S飞出去之后，在远处目睹了基地在爆炸中毁于一旦。
　　他们只有带着悲伤前往地面，完成司令的任务。
　　只不过，在飞行过程中，他们遭遇了驾驶机甲的同伴包围。
　　对方的数量很多，二人打得很艰难。
　　这时候，2B声称自己有突围的方法，要求9S将控制权转移给她。
　　9S照做之后，没想到2B却借机控制他隐身远离战区，她自己一个人面对围攻的敌人。
　　2B的机甲被击毁后，坠落在海边，受到了大批机械兵的包围。
　　而且，她发现自己再次被病毒感染。
　　为了不传染给其他的人工智能，她命令指挥系统搜寻一个无人的地点。
　　在前往这个地点的过程中，2B受感染程度也在不断地提升。
　　由于总部不存在，此时她就算备份自己的数据，也失去了意义。
　　就在她被两个受感染的同伴围攻，陷入绝境时，A2出现救下了她。
　　只不过，2B还是无法摆脱感染的加重。
　　她将部分记忆灌注在武器之中，托付给A2，并且拜托对方了结自己。
　　视角切换到9S，他已经赶到了废墟都市中，并且侦测到2B的黑匣子信号。
　　他循着信号一路追了过去，结果目睹了A2杀害2B的一幕。
　　2B临死之前，看见了他，笑了笑，叫出了他的昵称-“小9”。
　　9S几乎失去理智，愤怒地杀向A2。
　　就在此时，地面突然蹿出众多的碳硅结晶体，它们在深坑之中筑造了一座高耸的白色巨塔。
　　而9S也受到冲击，掉落到深坑之中……